Latar Belakang Historis adalah suatu pendidikan formal yang menyelenggarakan pendidikan keagamaan Islam dan pendidikan umum pada jenjang pendidikan dasar dan menengah. Penyelenggaraan pendidikan di Madrasah dimaksudkan untuk menghasilkan lulusan yang Beriman dan bertaqwa kepada Allah SWT.
Pengembangan MTs Negeri Model Samarinda Menjadi madrasah unggulan disusun berdasarkan realitas semakin besarnya tuntutan dan peran serta yang harus dimainkan dalam Era global. Proses reformasi yang sedang bergulir ternyata juga berimbas terhadap jenjang pendidikan terutama di MTs Negeri Model Samarinda.